La ville de Traverse est en danger ! À peine revenus de leurs aventures numériques en compagnie de Tron, nos héros Sora, Donald et Dingo doivent affronter une invasion de Sans-coeurs. En route pour le château en compagnie du Roi Mickey, nos héros ne se doutent pas encore qu’Axel est sur le point de leur révéler la terrible vérité : l’Organisation XIII se sert d’eux depuis le début ! Mais dans quel but ?